论文查重系统主要是用来检测论文中的文字内容是否存在抄袭或大量借鉴他人成果的情况。通常情况下，查重系统会检查以下几个方面：
论文查重系统入口
引用内容：查重系统可以检测出论文中引用的文献是否正确标注，以及引用内容是否超出了合理范围。
论文主体：包括摘要、引言、理论分析、方法论述、结果讨论等部分的文字内容。
参考文献：虽然参考文献通常不会被计入查重率，但查重系统会检查参考文献的格式是否规范。
附录：如果附录中包含大量文字描述，这部分内容同样会被查重系统检测。
至于代码部分，情况则有所不同：
伪代码：如果论文中包含伪代码，并且这些伪代码是作者自己编写的，通常不会被视为抄袭。但如果伪代码与已有的出版物或网络资源高度相似，则可能被检测出来。
编程代码：大多数查重系统主要关注文字内容，对于编程代码的检测能力有限。然而，如果代码被包含在论文正文中，并且与其他论文或出版物中的代码高度相似，查重系统可能会将其标记出来。
代码注释：代码中的注释如果包含大量文字描述，也可能被查重系统检测。
需要注意的是，即使查重系统能够检测到代码相似性，这并不一定意味着存在学术不端行为。编程代码往往遵循特定的语法和结构，因此出现相似的代码片段在技术上是正常的。学术界通常认为，只要代码是研究者自己编写的，并且没有直接复制他人已发布的代码，就不属于抄袭。
总的来说，论文查重主要针对文字内容，对于代码的查重能力有限。但为了遵守学术规范，建议在论文中使用代码时，即使是自己编写的，也应该注明代码的原创性，并在可能的情况下，对代码进行适当的解释和描述。如果论文中包含编程代码，并且担心查重问题，可以咨询所在学校或学院的具体要求。
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